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八五四年从英国启程前往该岛。他在那里度过了八年时光，把大量的搜集品运往英国。他走遍了全岛，对大自然进行了多年的考察，这既为他很好地描写马来群岛的博物学（“马来群岛，一个拥有猩猩和极乐鸟的地方”）提供了材料，又为他的其它一系列著作（其中最著名的是两卷本的《动物的地理分布》）提供了材料。

当华莱士还在马来群岛工作对，就同达尔文有过信件关往，这是由华莱士在伦敦一家博物学杂志上发表的一编文章引起的。关于这编文章，虽然人们不大知道，但是，它是值得注意的，因为它说明了所谓达尔文“同华莱士的事件”的真相。这篇文章叫作《控制新物种出现的规律》，并于一八五五年在《博物学年鉴和杂志》上发表了。

文章所涉及的问题非常接近达尔文当时也在进行研究的问题。华莱士试图解决物种是从哪里以及怎样产生的问题。华莱士根据自己当时已有的丰富的个人经验和文献史料（其中占显著地位的是达尔文的《航海日记》得出结论：同种的大批动物居住在同一个地方或邻近的地方，也就是“相近性是同地理分布密切相连的”。他在古生生物方面也得出结论：同一个地质时期或相邻的地质时期的生物，以及在同一个地区遇到的生物彼此非常接近。他把总的结论表述为下列不太清楚的规律：“每个物种的出现在地理上和年代上是同非常接近它的物种和先于它存在的物种的出现相一致的”。第二个结论说：“物种是按照先前的物种的结构形成的”。由此可见，华莱士很明显非常接近生物进化的思想，但他害怕更为明确地把它表达出来。他认为，在地质上可以细心观察到生物的直线发展的情况，也可以观察到来源于同一本原（不是祖先）两三个分支起源情况。他接着写道：“这样绝灭的生物被新生物所代替，而这种遗传性就这样继续到现代地质时代，地球博物学最困难的同时也是最有意义的任务正在于此”。

他认为，在生物的地质序列中，只有最一般的特征才能得到完善，并且指出，软体动物门的最高纲——头足纲，以前占优势，而现在则让位于机能不太高的腹足纲和双壳纲，古时的鱼比起现代的鱼来，其完善程度要差。为了说明这些事实，他用树木作了一番比较：老橡树上一根长得很好的树枝可以干枯烂掉，而一根新枝可能很小，并且达不到老树那样完善的程度。值得指出的是，他把未得到充分发育的（即发育不全的）器官看作是后继的亲缘物种将继续发展的原始器官。

华莱士论文的内容大体就是这样，关于论文的命运，他曾在一八五六年十月从苏拉威西写信问过达尔文。使华莱士感到不快的是，报刊上对论文却毫无反映。

达尔文给他写了一封非常亲切的回信，信中指出，他对华莱士在《年鉴》上发表的那篇论文，几乎每一个字都同意，并且补充说，他已经对怎样区别物种和变种的问题研究了二十年，但是这个题目太大了，在信中不便详谈。

一八五八年一月四日，华莱士从安波拿岛给自己的朋友贝兹写信说：“我非常高兴收到达尔文的来信，他在信中写道，他对我那篇论文几乎每一个字都表示同意。他现在正准备他的关于物种和变种的巨著，他用二十年的时间为这一巨著搜集了资料。既然他证明了自然界中在物种和变种起源之间没有任何差别，他就可以使我不再关心把自己的假说写下去，或者可能使我得出另一个结论，但是，在任何情况下，他的事实都将供我使用，我也可以对这些事实进行研究”。

达尔文在下一封信（一八五七年十二月二十二日）中，就报刊对华莱士的论文毫无反映一事对华莱士说：“对稍微超出物种简单描述的框框的东西表现关心的博物学家是为数不多的”。达尔文接着指出，有两位最优秀的博物学家——赖尔和加尔各答的勃莱特，要他注意华莱士的这篇论文。接着，他一再重复说，他的观点非常接近华莱士的观点，不过，这一次他补充说，他比华莱士研究得要深刻得多。

至于另一个问题——关于用来说明生物的共同性的海岸下沉问题，达尔文认为，华莱士比他进展要快些。的确，达尔文曾经用陆地下沉解释过环形岛的起源，但是我们看到，他是多么激烈地反对把所有各洲“下沉”到很深的深度，多么激烈地抨击得到赖尔和虎克赞同的福勃斯的思想。看来，华莱士在给达尔文的信中，对马来群岛上的动物的地理分布，他提出过类似的解释，而达尔文在信的末尾写了以下的话：“祝您的理论获得成功，不过除了关于海洋岛的问题以外；在这个问题上我准备斗争到底……”

达尔文和华莱士的通信之所以