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工学院的教职工人数比战前增加了十倍；而麻省理工学院赫赫有名的放射学实验室（后来以“放射实验室”著称于世）所拥有的研究人员，从战争开始时的15名扩充到了4000名以上。该实验室在年轻的物理学家兼管理专家李·杜布里奇的领导下，制造出了十分急需的称为雷达的新设备。然而，最为庞大的战时研究项目是研制新型炸弹的绝密的“曼哈顿计划”，它是由奥本海默负责的。到战争结束时，投入这一项目的资金累计超过了20亿美元，这也是人类历史上耗费最大的单项科研项目。

放射实验室和曼哈顿计划的巨大成功对战后科学的发展有着重要的意义。这两个项目以及其他一大批研究计划的成功实施向政治领导人证明：集中大量资金和大量人才的研究项目——后来被人们称为‘大科研“——不仅是可行的，而且能取得丰硕的成果。

就鲍林的本性而言，他并不喜欢大科研——他喜欢独自思考，并亲自挑选少数几个助手作一些试验——然而他对加州理工学院在科里领导下由50名杰出的青年化学家组成的研究小组很满意，他们在炸药研究方面取得的成就使他惊喜不已。他觉得，如果由于自己的战时资助终止而使这个小组解体，那将是一件憾事。尽管在战后和平时期，炸药分析可能不再是优先考虑的项目，但是其他许多问题仍需要有一支相当大的化学分析队伍去攻克。

1943年末，鲍林开始向洛克菲勒基金会的官员暗示，现在是考虑对蛋白质结构进行新一轮大规模研究的时候了。十年前，韦弗推动他进行此项研究，后来完全是由于战争的原因，研究工作停顿了下来。现在，重新开始这一研究项目，其重要意义丝毫不亚于十年之前。况且，现在有了这么一支现成的、组织良好的化学分析家队伍，他完全可以卷土重来，并有望取得成功。

1944年1月，基金会官员汉森访问加州理工学院。鲍林向他提交了自己的计划。汉森，这个曾经削减鲍林的人工抗体研究项目资助的当事人，对鲍林采取了敷衍态度。他说，基金会对他的研究计划很感兴趣，但要在战后某个适当的时候才能进行讨论。鲍林并不气馁，继续进行游说。同年夏天，他又写信给汉森力陈己见：“虽然蛋白质的结构非常复杂，以致我们无法指望完全彻底地解决这个问题，但是我确信，在我们的有生之年能够对蛋白质结构的一般原理取得相当深刻的认识。”8月份，理工学院规划全院未来的重点研究项目，鲍林为化学系起草了一份长达10页的计划，提出仅对一个新的研究领域作重大扩充：“研究生理过程中化学物质的性质和结构，对生理过程进行分析和解释。”他建议开始一个新的研究项目，由他亲自领导，不仅协调理工学院现有化学家和生物学家的工作，同时还要引进生理学、细菌学、药物学、酶化学以及病毒学方面的专家，协同攻关，通过分析大分子的相互作用来解释生命过程。这确是一项名副其实的大科研。

9月份，韦弗又回来负责洛克菲勒基金会自然科学部的工作，鲍林把自己的设想写信告诉了他。他写道，由于X射线晶体学中的计算做起来异常缓慢，因此科里和他的助手花了一年多时间才确定了简单氨基酸的结构。但是，如果有更多的人在一起工作，并使用最先进的设备，包括新型的IBM卡片式计算机（鲍林研究小组是最早使用这种计算机的单位之一），来处理晶体大分子的大量数据，估计只需一年就能完成科里需要六年才能完成的工作。鲍林建议战争结束后从他的炸药研究小组里抽掉20名人员去协力攻关，集中研究蛋白质结构问题。他估计，三年研究工作所需总费用，包括设备和后勤供应，大致为15万美元。他问韦弗，是否现在就提出申请，以便战争一结束资助就可到位。

尽管所需款项不菲，这位洛克菲勒基金会自然科学部的负责人还是对鲍林的计划表示了浓厚兴趣。这是一个宏伟的设想，通过采用大科研的方法来攻克蛋白质结构问题。鲍林深知，韦弗仍然热心于探索生命的奥秘，他有足够的洞察力认清这项研究的重要性。要解决蛋白质结构这样的问题，除了集中力量攻关以外别无他途。然而，这里还存在一些问题。尽管鲍林的理论研究很成功，科里关于氨基酸的分析也卓有成效，但加州理工学院仍然算不上是美国的蛋白质实验研究中心。伯克曼、莫斯基以及其他十几位著名学者所在的洛克菲勒研究院仍然是该领域中排名第一的基础性研究基地。此外，在人工抗体项目上的前车之鉴，也使韦弗不敢贸然赞成鲍林的计划。

他用洛克菲勒基金会的典型文体，向鲍林写了一封语气冷淡的回信，强调基金会