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有很长的历史，鲍林自然就想到如何从全世界人口中消除有害基因的问题。从1959年到1962年，他在许多讲话和好几篇论文中，一再强调应当杜绝先天性异常的因素从一代传给下一代的现象。此时，他和祖凯康德尔虽然反对直接优生的做法，不主张利用精子库生育父代不明的孩子，但是他们赞成采用另一种手段。

“人类的素质在下降，”有一次他对听众说。“我们需要在这方面干一点名堂。”这里所谓的“名堂”，是指对不良基因的载体进行识别和控制的工作。“在我们看来，从人类的遗传过程中消除那些明显会导致病态或带来巨大痛苦的基因，人们在法律上是不会反对这一设想的，”他和祖凯康德尔写道。比方说，两位同是镰状细胞的携带者就不宜结为夫妇；如果只有一方是携带者，那也应当少生育。这也适用于苯丙酮尿症患者和分子型病患者。他们写道，“在婚姻问题上莽撞和冒险，再加上盲目和无知”，容易导致人类基因库的污染，因此是不能容许的。鲍林说，要是靠自觉解决不了问题，也许就须制订和实施相应的法规了。

优生学受到青睐，这就提醒了我们，要是真的让科学家来管理我们这个社会，将会是怎样的情况。不过，对鲍林来说，这还是问题的一个非常次要的方面，他更大的兴趣是要用分子来探寻进化的踪迹。

在鲍林看来，“分子钟”这一概念只不过是对他讲了四十年的一个论点的证明：凡事都是从分子结构演变而来的。化学，医学，进化，还有大脑的功能，都是与分子结构有关的问题。“当人被痛苦地逐出天堂时，人的心目中就有了善和恶的分野，这也是一种分子型疾病，其实也就是所谓的进化，”他说。为了解释生命的起源，根本就没有理由求助于迷信，求助于什么“生命力”，或者求助于宗教的信条。“生命”，他在1962年写道，“就是分子之间的联系。”

对办公场地的争斗

鲍林在分子层次上探索的那些问题，斯威夫特一点兴趣也没有。作为加州理工学院化学和化学工程系主任，斯威夫特关心的是，鲍林很少在系里上课，行政事务又不管，实验室里也看不到他的身影。他永远在世界上另一个地方，在核试验问题上惹是生非，向总统拍发一些火药味实足的电报。斯威夫特经常巡视各大楼，探头看一下鲍林的几间研究室，看到的景象使他直皱眉：一些医生走来走去，手里拿着一管管尿样和大猩猩的血，生化研究人员则忙着向金鱼身上注射麻醉药，

在斯威夫特的指导下，化学系正在发生着变化，鲍林手下的人就有点不适应，“他们中有些人，”斯威夫特明确地说，“不用说水平不高，而且他们研究的课题就不大合我们的胃口。”科里是一位优秀的学者，舒梅克和其他几位鲍林早些时候的助手也不错。“但是，另外还有一些人，”斯威夫特说，“特别是那些偏向于进行医学和生化研究的人，就很成问题了。”

斯威夫特新近雇用了许多正统的化学家，然而办公室不够。最有可能扩大办公场地的目标就是鲍林的教学实验室——再说，其中有几个地方似乎有一半空关着未利用——系里多数人认为，其中有些房间可以提供给那些成果较多的研究人员。但是，斯威夫特不想去顶撞鲍林。至于怎样才有利于化学系的工作，他有自己的看法，但是，他毕竟在鲍林手下干了那么长时间，亲眼看到过他取得了那么多成果，因此实在不忍心在自己的事业快要结束的时候，再去剥夺鲍林使用实验设施的权利。“（斯威夫特）在这件事情上情绪很低落，不愿再刺激鲍林，”杜布里奇回忆道。1963年初，斯威夫特退休了，这个问题也就留给了下一任系主任。

杰克·罗伯茨是一位很有才干的有机化学家，他接任了系主任之职。相对来说，他比较年轻。无论在哪种意义上，他对鲍林的政治活动都不大关心，他向来就喜欢独立思考。新官上任，总得放几把火，向校长和董事会证明一下自己的能力。既然斯威夫特和杜布里奇都认为需要更多办公的场地，他就有责任解决这一个问题。作为系主任，罗伯茨上任后首先做的事情中，有一件就是要找到鲍林，向他解释系里的需要。他记得，当时鲍林尽管对这次谈话感到不高兴，但他还是很有礼貌地同意缩减自己办公的场所。

鲍林对此事的回忆则更为详细。他说，罗伯茨对他讲，“这些搞医学的人在这里不合适，”要他在两个月的时间里，让那些精神病研究的项目下马，并坚持要他让出实验室面积的一半。鲍林不愿在这么短的时间里解雇那些研究者，作为缓兵之计，提议让出自己办公的场地，分阶段淘汰从事麻醉