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立即动手术。诺伊斯被手术吓坏了，坚决反对这样做。除了海耳、密立根和几个最亲近的朋友，他没有把病情告诉任何人。他开始离开学校，一个人独处。有时在学校附近圣帕斯科的小屋，有时在科罗那得马的海边别墅里。在那里，他可以静静地欣赏海鸥翱翔，海浪翻滚，耳边是海风带来的海滩上人们的欢声笑语，脑海中浮现出科德角的浪花和自己在意大利阳光灿烂的日子。在那里他可以暂时忘却学校的烦心事。

尽管诺伊斯竭力隐瞒自己的病情，学校里不久就已传得沸沸扬扬了。

鲍林的反应正是大家最害怕看见的。多年以来他就期待着能够取代诺伊斯，现在看来时机到了。需要立即作出一系列的决策，包括有机化学的发展计划，与洛克菲勒基金的长期关系，以及由于大萧条造成的新的化学楼的延期。诺伊斯似乎放弃了任何决策，而鲍林需要知道下一步将会发生什么，特别是他继任系主任的时间表。但是没有一个人跟他提过这件事。诺伊斯处于半隐居状态，而密立根则对他敬而远之。最后，鲍林决定自己采取行动。1935年7月，他借俄亥俄州立大学给他的一份邀请，要求和密立根讨论一下自己的处境。

这次会面是一场灾难。密立根是诺伊斯的亲密战友，对于朋友的疾病感到很忧虑；他目前最不愿意处理的就是鲍林显而易见的又一次加薪的要求。鲍林抱怨经费紧缺，告诉密立根应该拨给化学系更多的资金，还提醒他在别的大学中化学相对于物理的优越地位，由此会谈的气氛急转直下。密立根根本就不屑于回答鲍林的这些问题；在他看来，只要诺伊斯一息尚存，还是化学系主任，经费的问题完全不用鲍林来操心。接着他意识到了鲍林此行的真正动机：他需要保证自己在诺伊斯死后获得系主任一职。密立根勃然大怒。他强压怒火，对鲍林说，学校没有打算增加化学系在学院经费中的份额。然而当鲍林一再回到系主任任命这一话题上的时候，他再也按捺不住了。密立根告诉这位自负的年轻人说，他太年轻，甚至连系主任一职也休想考虑。就他个人而言，鲍林在以后的十到十五年中也不用费神去考虑担任那一类行政职务。接着他把鲍林轰了出去。

鲍林一下子懵住了。密立根的话彻底推翻了他原以为板上钉钉的自己前程的安排。而且密立根说他年轻，不足以担此重任的话也毫无道理。鲍林已经34岁了，比斯雷特负责麻省理工学院物理系时还年长3岁，比科南特被提名为哈佛大学校长时也小不了几岁。一定是别的什么出了岔子。

鲍林整整用了两个星期的时间才重新认识了自己的位置，他决定非要弄个明白不可。他老调重弹地给诺伊斯送去一封措辞谨慎的信：“我觉得我不得不离开学院。……唯一令我感到迟疑的是，我可能误解了您曾经嘱咐我的，要我制定发展化学系的规划，并为我安排相应角色的话。”

诺伊斯在科罗那得马收到了这封信。几个月来，他一直避免作任何决定，但是现在看来他必须正面解决鲍林的前途问题了。他一直担心这会使他在生命最后几年中苦心经营的化学系分崩离析。他叫秘书把鲍林的信复写了一份亲手交给海耳，还亲自写了一段话。“鲍林好大喜功，野心勃勃，惟我独尊，但是我确实相信，他主要的思路是在其研究领域之外建立一个更大的研究中心。”然后他要求紧急约见托尔曼、海耳和密立根。

在会议上，大家很快意识到问题没那么简单。密立根希望托尔曼能够继任；他不仅资格老，而且是合适的人选；他和密立根以及加州理工学院最大的那些施主参加同样的私人俱乐部，属于同一个社交圈。在另一方面，每一个人都还记得鲍林刚读研究生时的模样。他来自穷乡僻壤，一贫如洗，和年轻的太太和孩子住在一间租来的破旧屋子里。他怎么能够应付那些学院需要交好的百万富翁呢？密立根特别担心鲁莽的鲍林在自己理事会前的表现。然而诺伊斯仍然不相信托尔曼会全身心地投入到化学系或者管理工作中去，他争辩说，失去鲍林将是学院的一大损失。托尔曼本人对独自一人取代诺伊斯表示了保留的意见。

最后，大家达成了妥协：对化学系采取分治管理的模式。鲍林将称为名义上的系主任，但是他将和一个新的化学系委员会分享他的权力。这一委员会包括五名成员，将最终决定任命、提升、工资和预算等问题。托尔曼将作为化学系在加州理工学院执行委员会中的代表，负责与理事们打交道。

这一计划是在7月份制定的，但是在11月正式公布的时候，鲍林的角色受到了进一步的削弱。也许诺伊斯还不愿就此退休；也许化学系的教师反对原先