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莱纳斯却不是这样。为了检验自己的发现，他扭头看屋内的其他东西，结果发现闪光者并不止于圣像头上的光环。尽管尚不了解有关的专业术语，他还是为自己作了一次演示实验：他所看到的不过是视觉幻象，是由于长时间注视光环引起的视觉疲劳所致。虽然他在整个青年时代都在不断地思索宗教，甚至还曾与一位基督教家庭的朋友一起去基督教周日学校听课达数月之久，但他总能情不自禁地为所有现象找出合理的解释。

他对宗教的拒绝导致一场小小的哲学危机。“记得我在11岁时曾向自己提出过这样一个问题：我有什么证据能够说明周围世界仅存在于我的意识中？”他在七十多年以后以比较现代的观点回忆说：“我当时找不出任何有说服力的证据能够说明相反的事实。”

经过了一段思想斗争，他最终得出了这样的结论：自己周围的人，其他的小学学生，都像他一样与世界万物有着大致相同的关系。他这么概括：“这种对称性在那么多方面表现出来，使我只能认为，……非常可能，我自己在宇宙中并不占有独特的位置。”

在确定了自己的哲学观点以后，鲍林把注意力转向其他事物。他开始收集和分类整理他感兴趣的东西。他从大约11岁开始，收集大量昆虫标本。在这方面，一个名叫齐格勒的男子给了他很多帮助。此人是负责药品供应的推销员，赫尔曼生前在商界的熟人。赫尔曼去世后，他常到莱纳斯家里来，其首要目的是向贝莉求爱。也许是因为他已有家室，他与贝莉的关系似乎并没有真正热乎过。尽管如此，他给孩子们还是留下了不错的印象。他经常送给孩子们一些小礼品，时不时地还给些钱，哄孩子们离开屋子。莱纳斯将齐格勒作为自己的一个“供应商”。他说服齐格勒给他弄来一些剧毒的氰化钾，然后小心地将氰化钾与熟石膏混和在一起，铺在瓶子的底部作为诱杀昆虫的器具。

波特兰的华盛顿中学是一所规模较大、师资力量很强的学校。莱纳斯进校后的第一年就开始学习他所接触的第一门真正的自然科学课程——“自然地理概论”。教师是史密斯学院化学系的一位毕业生，名叫盖珀拉。莱纳斯很好学，特别喜欢那些讲课认真、语言生动、逻辑性强的老师。盖珀拉小姐精彩的讲课，特别是她的直观教学，给莱纳斯留下了深刻的印象。比如说，为了演示大气的压力，盖珀拉小姐在一只空的糖浆罐头中注入水并将其煮沸，然后将罐头封紧后让水冷却，当罐内的蒸汽凝结后，外部的大气压力就把罐头压扁了。

课堂上，同学们还考察了矿石的性质，莱纳斯的兴趣由此从昆虫转向了岩石。他从图书馆借阅了有关这一课题的大量书籍，把书中列出的性质仔细地抄下来，用实验来检验自己的发现，确定各种性质之间的逻辑联系。他说，“在某种意义上，我那时已经开始成为一名科学工作者，尽管我还没有经过任何严格的训练。”他居住的那个地区矿石品种较少，因此他早期的矿石收藏是非常有限的。然而这是一个开端，此后他一直对研究晶体和矿石怀有浓厚的兴趣。

莱纳斯沉湎于探索自然界的规律。他独处一隅，对矿石仔细观察、研究、试验和分类，同时就把未知转化为已知。在不同的矿石之间，存在着内在的逻辑联系，存在着某种完美的规律。摆脱令人厌倦的家，倘祥在自然界的规律中，这是他求之不得的事。他很快地变得对任何事物都要问个为什么，知道个究竟。他的妹妹露茜尔回忆说：“莱纳斯一刻不停地思考，他的思维始终是非常活跃的，不断地问这又问那，总想弄明白其中的原因。”她记得，一个冬天的早晨，她们一家在波特兰火车站等火车，她的12岁哥哥一本正经对母亲说：“妈妈，我已琢磨出你不觉得脚冷的原因了，你不停地走动，因此你的脚只有一半时间接触冰冷的地面。”这番话着实让母亲和两个妹妹吃了一惊。

他这种习惯甚至用到了家事上。露茜尔记得，有一次，她骑着邻居家的一辆自行车玩，被邻居家男孩推倒在地上，自行车也被夺了回去。她向莱纳斯哭诉，莱纳斯不是急着为妹妹报仇，而是想了一会儿，接着告诉妹妹不要哭，“毕竟那不是你的车。”

莱纳斯在高中时学习成绩非常好，数学和自然科学很快变成了他最喜欢的课程。“我干得很好。我上课，做作业，非常愉快。只有当我没有弄懂自己应该掌握的东西时，我才感到不高兴，”鲍林这样回忆说。“当时的我就像一个故事里提到的小男孩维利。一次老师问维利：‘2＋2等于几？’维利回答说：‘4。’老师称赞说：‘很好，维利。’而维利却说：‘很好？不，不只是很好，是完美！’