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但同时又会使陆地面积缩小和消失，使这些陆地上的生物绝灭。同理论的各种矛盾，例如化石之间没有过渡，突然表现出来的类型的出现和消失，缺乏志留纪前的化石（寒武纪化石尚未发现）等等，达尔文都用地质年鉴不完全作了满意的解释。他在这里采用了赖尔首先使用过的比喻法，赖尔曾把学者们所能得到的地质材料同记录的地球史相比较，但记录很不完全，它是用各种语言记录的，而且我们得到的这部历史仅仅是最后一卷，它只涉及两三个国家，而且其中只剩下零散的几章，每一页只保留几行文字。达尔文根据这一点在《概要》中得出了以下结论：“如果地质学（其目的就是研究历史）向我们提供的只是由撕下来的一叠叠书叶组成的几章中的几页，而每一页又只是用当时一小部分生物插图加以说明的话，那么事实同我的理论是完全一致的。”他接着证明，物种的绝灭不是秘密的过程，而是非常自然的，就象生物死亡一样；在任何一个物种消失以前，它总是越来越少，可以根据第三纪的类型看到这一点。
达尔文接着谈了有关进化的地理证据。
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