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国君不仇匹夫，虮虱之流，杀之不武。公若不以告我，死生惟命，不敢与闻，今既已知之，则愿以解网之仁，乞之于左右。大疏特令差人停进，惟高明裁之。（书牍十一《答操江胡玉吾》）

仕期这时已入太平府狱中，胡槚正在等待上疏的结果。居正复书来了以后，胡槚看清居正不愿株连的意思，当然他再给信宗武。七天以后，仕期果然在太平狱中被笞身死。一件刑事重案就算用政治处分结束了。对于这一件事，胡槚、龙宗武都应当负责，就是居正也不免要负道义的责任，但是他最初只是不愿株连，却想不到会发生严重的后果。

万历五年十一月到了，黄星底苍白色的光芒，还是向东北直射。就在这一月，再由神宗下诏考察京官。本来京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，举行京察的，称为“闰察”。武宗时代，宦官刘瑾当权的时候，阉党吏部尚书张彩请不时考察京官，留下一个恶例，现在是居正运用这个恶例的时候了。居正本来不相信自然界的现象对于人事会有什么关系的。他自己不曾说过吗？“夫天道玄远，灾祥之应，皆未可知。孤尝学此于天官氏矣，考其占验，咸属茫昧。”（书牍九《答河道吴自湖》）所以他假借星变的名义，举行闰察，排除异己，不能不算是一种褊狭的行为。在这一次京察，主张维持纲常名教的调任南京礼部尚书何维柏罢职了，请令居正驰驿奔丧的南京操江御史张岳罢职了，疏救吴中行等的侍读赵志皋，调任南京国子司业张位也罢职了。居正死后，吏部尚书杨巍疏称“六年京察、祖制也，若执政有所驱除，非时一举，谓之闰察，群情不服，请永停闰察。”万历十三年，永停闰察，便是这一次的后果。

万历五年九月以后，居正在百感俱集的当中，决定了两件大事：第一是河漕机构的合并，第二是各省田亩的清丈。

明代对于河、漕的事务，最初分属于两个机构，河道总督专管黄河，漕运总督专管漕运。其后漕运总督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍属河道总督。但是从淮安到茶城，借河为漕，河道总督底职权，只能管到这一段的黄河，对于河南以上的黄河，其实没有管到，当时也没有整理黄河上游的主张。因此河、漕两个机构，永在摩擦的当中。这是一向的事实。万历四、五年间，河道总督傅希挚更和漕运总督吴桂芳不断地争执。五年九月，调山东巡抚李世达为河道总督。调河道总督傅希挚为陕西巡抚。居正以为有了办法，但是随即发现这是制度的问题，不是人的问题。十月中，再把世达调开，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河、漕、提督军务。（《明史·河渠志》“五年命桂芳为工部尚书兼理河漕。”语误。兼理河、漕在五年、进工部尚书在六年。明《万历实录》、《明史稿》及《明史·吴桂芳传》语皆合。）河、漕两个机构，到此正式合并。六年之初，居正有信给桂芳说：

治河之役，朝廷以付托于公者甚重。……承示，恐流言之摇惑，虑任事之致怨。古人临事而惧，公今肩巨任事，安得不为兢兢？若夫流议怨谤，则愿公勿虑焉。孤浅劣无他肠，唯一念任贤保善之心，则有植诸性而不可渝者。若诚贤者也，诚志于国家者也，必多方引荐，始终保全，虽因此冒险蒙谤，亦无闷焉。顾近一、二当事者，其始未尝不锐，至中路反为人所摇，自乖其说，或草率以塞责，或自障于垂成。此岂庙堂不为主持而流谤之果足为害耶？子产曰，“政如农功，日夜以思之，思其始而图其终，行无越思，如农人之有畔。”愿公审固熟虑，集思广益，计定而后发，发必期成。至于力排众议，居中握算，则孤之责也。使孤得请而归，后来之事，诚不可知；若犹未也，则公可无虑矣。（书牍十《答河道司空吴自湖言任人任事》）

不幸就在六年正月桂芳病死，随后再命潘季驯为右都御史兼工部左侍郎、总理河漕，至此河、漕方面得到一个正当的解决。

明代以前，国家岁入，以赋役为大宗，赋是田赋，役是丁役。要整顿国家底收人，便要从调查田地和户口人手。滕文公要行仁政，使毕战问孟子，请他指示井地的办法。孟子说：“子之君将行仁政，选择而使子，子必勉之。夫仁政必自经界始。经界不正，井地不钧，谷禄不平，是故暴君汙吏必慢其经界。经界既正，分田制禄，可坐而定也。”孟子这几句话，固然透露他对于井田的理想，但是行仁政必自经界始，是一句颠扑不破的话。当时推有把田地、丁口，调查清楚以后，人民底担负才能平均，不至于有一部分逃避责任，另一部分加重担负的流弊。

太祖洪武二十六年的调查