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浙江省的主要城市为攻击目标。

作战方法是用飞机散布菌液和空投感染鼠疫的跳蚤。

7月25日，日本关东军发布了“关作令＇关东军作战命令＇丙第659号”。

8月6日，一列重兵押送的火车从731部队的平房出发，开往杭州。火车上装着“空投炸弹700发、汽车20辆，70公斤伤寒菌、50公斤霍乱菌和5公斤鼠疫跳蚤”。

这是一支轻装前行的特别行动队。由石井四郞只带了100个队员，前往杭州和南京1644细菌部队的20名队员汇合。石井四郞是行动的总负责人。

日军的战略目的非常明确。其中，宁波是中国东南部重要的港口城市，是蒋介石的家乡，1940年宁波有26万人口，水陆交通发达。抗日战争期间，宁波港承担着外援物资进口任务，战略地位极其重要。衢州和金华县是从浙江通往江西的浙赣铁路上的要地。1935年，国民政府在衢州东建成衢州机场，后又经两次扩建，衢州机场成为中国东南各省中最大的军用机场。抗战爆发后，国民政府航空委员会在衢州设立空军第十三总站，下辖三个机场。衢州城内也是重要的驻兵之地。日军在此实施细菌战的目的，就是要切断中国从宁波港口进来的国外战争物资援助，切断中国的铁路运输动脉。

9月18日攻击开始，　浙江省的宁波、金华、温州、台州、玉山、衢州等六个城市遭到了细菌攻击。攻击直到11月25日才结束。日军陆军参谋总长杉山元对###派遣军和关东军发布了“大陆指第781号”命令，下达了于11月末结束作战的指令。

在长达三个多月的细菌攻击中，宁波等六地受到了反复的多种形式的细菌攻击，这正是石井和他的研究人员反复实验过的方法，这一次在实战攻击中都用到了。在衢州，特别行动队采取的是投撒带菌的麦子和谷粒；在宁波，采取的是在宁波城内或周围撒播带菌的谷物和棉絮；在金华，731部队的飞机在县城扔下炸弹，炸弹撞击地面爆炸后施放出一股淡黄色的烟；在玉山，石井实施了在普通居民中施放细菌的计划，他们把病原体投入居民的水池、水井里，甚至将几百个做成米糕的甜点心、水果等放在居民的门口、树旁，做出一副日军匆匆离去遗忘了的样子，骗取当地缺少粮食的居民食用，而这些“食品”里都注入了大量的伤寒和副伤寒菌。而石井的研究者也得出结论：“这种方法对于副伤寒是最有效的”。

就目前已知的情况，日军从1940年开始直到1945年战败，一直都在进行着对中国的细菌战攻击。

1941年9月，日军陆军参谋总长再次发布“大陆指”，对洞庭湖附近的湖南常德进行细菌战。常德是中国的重要交通枢纽和商业中心，这一次命令要求以造成常德居民间鼠疫流行的方式阻断中国军队的交通。这次参战的还是731部队和1644部队。参加作战人员的总数约100名。

11月4日晨5点30分，　731部队航空班的增田美保驾驶九七式轻型轰炸机从江西南昌机场起飞，6点50分到达常德。但是这一天常德“大雾”，于是增田美保只好降低高度。飞机的两个机翼下面，携带着两个盒子，里面装的是鼠疫跳蚤。

事情没有预想的顺利，飞机一侧盒子未完全打开，掉在了洞庭湖里，飞机另一侧的盒子则完全打开，“谷子36公斤”撒在了常德。“谷子”是鼠疫跳蚤的秘密代号。

后来发现的《井本日记》清楚地显示了这次攻击的结果：“11月6日，常德附近出现中毒流行。11月20日前后，出现来势凶猛的‘鼠疫’流行”。

日军根据收集的情报认为攻击获得极大的成功，中国派遣高级参谋宫野下年大佐提供的报告是：“以常德为中心的‘鼠疫’极为猖獗”。于是部队士气高涨，对“圆木”（用于细菌实验的中国人）极有信心，主要的细菌武器也首选鼠疫，并希望获得30万只老鼠，以增加鼠疫的产量。

1942年4月18日，从太平洋航空母舰上起飞的美军轰炸机首次空袭了日本本土，这是第一次有人将炸弹扔在日本的本土上，这给日军的信心以致命的打击。因为美军飞机在攻击日本本土后预定在中国浙江省的城市着陆，于是日军便向中国进行反扑。这一次使用的还是细菌战。

关东军司令部命令，派了一个约100人的远征队，带着细菌前往华东的浙赣战区。而在731部队，石井命令生产部制备了约130公斤副伤寒菌和炭疽热菌，供该远征队使用。另外还带上了大量的霍乱菌和鼠疫菌，其他的所需