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但有时候他就丢下这项工作单独一个人或者同哥哥伊拉司马斯一起去逛伦敦大街，看看有没有出租的房子，以便他在同埃玛结婚后能够住在那里。赖尔夫妇当时特别关心此事。

埃玛到伦敦去帮助查理寻找房子，同他一起去看戏。最后在上高尔街选中了一套油漆得很漂亮的房子，于是便把单身什物搬到了那里。这座老房子之所以吸引了这对年轻人，主要是因为它有一个小花园。

一八三九年一月二十九日，在梅尔举行了婚礼，这对年轻人很快就去了伦敦。根据埃玛（她毫不费力地一下子就担负起了主妇的重担）的书信来看，在婚后的最初一个时期，他们把很多时间用于接待客人的来访，到最亲近的人和熟人那里赴宴和回访他们的熟人。别人的这些拜访可能使查理比他的妻子更加激动。

后来扎德教授描写了达尔文这位热情的主人当时给客人们留下的感觉。“我不知道有谁在同他接触时（即使时间很短）而能不被他的个性迷住的。谁能够忘记他在见面时那种亲切的握手和在离别时那种温柔地、长时间地不断抚摸手掌的情景，而主要的是，谁能忘记他那引起面部整个表情变化的诱人的微笑……人们在回首往事时往往忘记哲学家深奥的哲理，而想起主人的热情好客”。

一般来说，达尔文夫妇几乎放弃了社交活动，过着非常安静、深居简出的生活。可是，达尔文的健康情况显然越来越坏了，因此他不得不到梅尔和施鲁斯伯里再次长期休息。一八三九年底，达尔文添了一个儿子。他对儿子的观察后来反映在他写的《论感觉的表现》这本书中。父亲爱孩子的情感是如此的强烈，以致连他本人都觉得有点意外。

他继续（虽然是断断续续地）整理自己的地质论文，特别是《珊瑚礁》和《南美洲的巨漂砾和冰川》。他在地质学会作《关于某些火山现象之间的联系》的报告，他研究《贝格尔号动物学》的鸟类部分，即他在南美搜集的那些鸟的生活方式和分布情况；鸟类学家古耳路德对这些鸟进行了鉴定和描写。

在达尔文没有摆脱搜集资料和思考理论这一阶段以前，他一直从事关于物种和变种的研究工作。一八四一年一月，他写信给有经验的养禽家福克司说：“我将以感激的心情接受您的最微小的资料；对各种家禽和哺乳动物（如狗、猫等等）通过各种杂交而产生的后代的记述都是很珍贵的。”达尔文请求福克司，如果他那里有杂交的非洲猫要死去的话，为了得到骨骼，请把它的尸体装在一个小盒子里寄来，并请求将由杂交而生出来的鸽、鸡或鸭也寄来。这些东西对他来说“比得到任何鹿腿或最好的乌龟都更有价值。”

一八四一年初，他的那部关于珊瑚礁的著作终于问世了，书名是《珊瑚礁的构造和分布》。关于这部著作的基本思想我们已经谈过。不过有趣的是这部著作的成书情况。在这部著作中已经谈到了达尔文所使用的不同于他的所有其他著作的那些方法的特点：第一是内容的广泛性：他掌握了研究对象的所有详情细节；第二是高度的概括性：他寻求并且找到了最能充分说明被考察的现象的规律；第三，他并没有闭着眼睛不看他在总结时所遇到的各种困难；不但如此，他好象预先就在寻找这些困难，为是是克服它们，对它们加以专门解释，从而预防人们可能向他提出各种反驳意见；第四，他能从各个方面观察所研究的对象，在对研究对象进行考察时，他既是地质学家和地貌学家，又是动物学家，一句话，他是一个广义上的博物学家。这样，他就一步一步地使读者相信，尽管有种种难懂、含糊和矛盾之处，但是他的观点是最能为人们所接受的。在现代战争中，人们不能忽视任何东西，他们对一切细节都要预先估计，并在自己所占领的一切地方巩固起来，同样，达尔文也表现出他特有的坚毅不拔的顽强性，他预先掌握了研究对象的难点，坚持自己的观点，不掩饰自己立场上的任何弱点，只要他证明的各路大军进行战斗的共同结果能保证他取得胜利就行。

在这部著作的第一章里，他考察了环形岛、珊瑚岛。因为这些岛屿的起源问题曾经有过一些很不正确的、有时甚至是虚构的假设。他描写了他亲自研究过的环形岛基林，描写了暗礁外缘的珊瑚，围成礁湖的珊瑚式的藻类地带、礁湖本身、下沉到礁湖底层的沉积物以及靠吃淤泥和珊瑚的动物（绿鲪和管海参），描写了暗礁和小岛屿的变化情况。他强调指出，所有这些为数极多而又分散极广的岛屿露出海面并不高，而从礁石的表面算起，海洋通常越是很深的，这种深度就要求形成环形岛的基地有很大的陡坡。

在第二章里，他谈了堡礁，